Foi o 4.º bispo de Angra, tendo governado a diocese de 1564 a 1567. Durante a crise da sucessão que se seguiu à morte do cardeal-rei D. Henrique foi um dos poucos prelados que apoiou o Prior do Crato.

Manuel de Almada nasceu em Lisboa, destinado à vida sacerdotal, foi ordenado padre muito cedo.

O padre Manuel de Almada foi doutor em Cânones pela Universidade de Coimbra, tendo exercido diversos cargos eclesiásticos, entre os quais o de Desembargador dos Agravos, chantre da Sé de Lisboa, inquisidor e deputado da Mesa da Consciência e conservador das Ordens Militares. Foi também governador da Relação do Porto.

Foi capelão-mor de D. Catarina de Áustria, viúva do rei D. João III de Portugal.

Em 1564 o cardeal Henrique de Évora, regente em nome do rei D. Sebastião de Portugal, apresentou Manuel de Almada para prelado da Diocese de Angra, no qual foi confirmado pela Santa Sé. Sagrado bispo, D. Manuel de Almada tomou posse da sua diocese por procuração, nunca nela entrando. Governou por meio de uma junta por ele nomeada e composta de três membros do cabido.

Ao ser feito confessor da rainha renunciou ao bispado de Angra a 26 de Setembro de 1567, tendo antes tentado que o açoriano Dr. Gaspar Frutuoso aceitasse o governo da diocese como vigário geral, o que não conseguiu.

Durante este episcopado começaram a ter aplicação nos Açores as decisões do Concílio de Trento.

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D. Nuno Alvares Pereira (1568-1570)
Foi o 5.º bispo da Diocese de Angra, tendo-a governado de 1568 a 1570. Era doutor em Cânones pela Universidade de Coimbra e fora visitador do bispado de Angra em 1542 e do Arcebispado de Lisboa no tempo do cardeal-infante D. Henrique.

Durante o seu curto governo, este prelado dedicou-se à causa da construção de uma nova catedral que substituísse a acanhada igreja de São Salvador, que fora elevada a Sé com a criação da diocese de Angra em 1534, e por conseguir melhores condições de sustentação para o clero das ilhas, face à limitação das côngruas que então auferiam.

Outra ação a que se dedicou foi à dignificação do culto divino na então jovem sé angrense, conseguindo o aumento do seu número de cónegos e capelães e contratando os primeiros moços do coro, aos quais dava uma vestimenta vermelha.

Interessou-se pela construção de novos templos e pela reparação das primitivas igrejas construídas durante a fase inicial do povoamento, para tal criando as fábricas administrativas das igrejas paroquiais. Teve de extinguir, por uma provisão, a repartição dos encargos nas obras nas igrejas paroquiais entre os gastos feitos nas capelas-mores paroquiais, que cabiam ao rei como grão-mestre da Ordem de Cristo a quem fora doada a administração religiosa, e o resto, a suportar pelo povo e pelos capitães do donatário.

Conseguiu também que o grão-mestre da Ordem de Cristo (o rei) delegasse no bispo a nomeação dos isto é dos cargos eclesiásticos que lhe pertenciam, fazendo doação aos bispos do direito de nomear os clérigos para as dignidades que não tivessem anexado o ofício de pregador. A partir daí todos os benefícios, assim curados como simples, passaram a ser providos por oposição e editais.

Ainda durante o governo deste prelado chegaram a Angra os primeiros padres da Companhia de Jesus, os quais se instalaram nas casas sitas junto à ermida de Nossa Senhora das Neves à Rocha, que então pertenciam ao capitão-mor João da Silva do Canto.

Coube a este prelado decidir o conflito de nulidade de votos e perpétua clausura interposto por Antónia dos Anjos, abadessa do Mosteiro das Chagas da então vila da Praia, ao tempo uma causa que apaixonou a população da ilha Terceira. No ano de 1568 foi deferido, com o apoio do bispo, o requerimento da Câmara de Angra feito no ano de 1557 para se fazer uma nova sé.

Os esforços que D. Nuno Álvares Pereira desenvolveu em prol da nova sé só foram coroados de êxito póstumo, pois faleceu a 20 de Agosto de 1570, a escassos três meses do lançamento da obra. Foi o segundo bispo a ser sepultado na capela-mor da Sé Velha de Angra.

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D. Gaspar de Faria (1571-1576)
Foi o 6.º bispo de Angra, tendo governado a diocese entre 1571 e 1576. Era clérigo do hábito de São Pedro, doutor em Sagrados Cânones pela Universidade de Coimbra, sendo, à data da sua apresentação para o bispado de Angra, vigário-geral do Arcebispado de Lisboa.

Após ser confirmado bispo de Angra, deu entrada na sua diocese no ano de 1572. Entre as suas primeiras ações conta-se a criação das vigarias correspondentes às atuais freguesias de São Pedro e de São Bento da cidade de Angra.

Foi um dos primeiros prelados angrenses a visitar as ilhas pertencentes à diocese, havendo notícia de que celebrou missa pontifical na Matriz de São Sebastião da cidade de Ponta Delgada. Também se lhe atribui a criação, por volta de 1576, da freguesia de São Pedro da Ribeira Seca, nos subúrbios da então vila da Ribeira Grande.

Há notícia de ter celebrado Pontifical Solene na igreja paroquial do Espírito Santo da freguesia da Vila Nova em dia de Pentecostes, sinal de que aquela povoação do Ramo Grande já era no século XVI o centro do culto do Divino Espírito Santo na ilha Terceira.

Obteve alvará régio de D. João III de Portugal, datado de 4 de Setembro de 1572, para que as côngruas do clero terceirense fossem pagas duas partes em trigo e uma em dinheiro e nas restantes ilhas metade em trigo e metade em dinheiro. Neste alvará avalia-se o trigo a 3$300 réis o moio, o que prova a sua abundância.

Alegando a frescura dos ares e a qualidade das águas, este prelado habitou por muito tempo numa sua quinta sita nas margens da Ribeira dos Moinhos, na freguesia da Agualva, na costa norte da ilha Terceira. Esta quinta ainda ostenta na frontaria as armas episcopais, existindo a tradição de que o bispo nela teria enterrado uma «grande baixela de prata e algum dinheiro», ao que parece já recuperada por ulteriores proprietários.

Faleceu repentinamente quando se encontrava na Sé de Angra. Foi enterrado naquele templo, junto do altar do Santíssimo Sacramento, da parte da Epístola.

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D. Pedro de Castilho (1578 – 1583)
Foi o 7.º bispo da Diocese de Angra, governando-a de 1578 a 1583, depois bispo de Leiria e por duas vezes vice-rei de Portugal durante o reinado de Filipe III de Espanha.

O bispo D. Pedro de Castilho nasceu em Coimbra, seguiu a carreira das letras na Universidade de Coimbra, e depois de ser Mestre de Arte (1562), principiou a estudar teologia. Mais tarde mudou de faculdade, cursando a Faculdade de Cânones, onde se formou em Teologia e Cânones, de que fez exame privado, licenciando-se mais tarde (1572) nesta última matéria.

Ordenado sacerdote, foi prior da igreja de São Salvador de Ílhavo e beneficiado da igreja de Santo André de Celorico de Basto.

Por mercê do cardeal D. Henrique foi nomeado deputado do Santo Ofício em Coimbra, onde iniciou funções a 16 de Fevereiro de 1575, e logo de seguida feito visitador da diocese de Coimbra quando nela era bispo D. Manuel de Meneses.

A) Ação na Diocese de Angra
Foi proposto 7.º bispo de Angra por el-rei D. Sebastião e confirmado pelo Papa Gregório XIII, pela bula Gratiae divinae premium, de 4 de Julho de 1578. Sagrado bispo, partiu naquele ano para os Açores, só tomando, contudo, posse da Diocese em data posterior a 18 de Janeiro de 1579.

Na sua ação pastoral, o bispo D. Pedro de Castilho mostrou-se zeloso na reforma dos costumes e grande observador dos ditames conciliares tridentinos. Criou na ilha de São Miguel a freguesia de São José, na cidade de Ponta Delgada.

Foi também este bispo quem ordenou que se fizesse o sumário dos milagres da venerável Margarida de Chaves, que intitulava mulher de prodigiosa vida, que havia falecido em odor de santidade na ilha São Miguel no ano de 1575.

Foram desde cedo públicas e notórias as disputas e conflitos deste bispo com o corregedor Ciprião de Figueiredo, que se agudizaram sobremaneira com as perturbações políticas que se seguiram à morte do Cardeal D. Henrique. Essas disputas forçaram o bispo D. Pedro de Castilho, partidário ostensivo de Filipe II de Espanha, a deixar a cidade de Angra, afeta ao Prior do Crato.

Foi assim refugiar-se em São Miguel, evitando as ameaças do corregedor Ciprião de Figueiredo e aos ódios populares que a sua opção pelo rei castelhano lhe tinham concitado na Terceira.

Na ilha de São Miguel a presença do bispo foi instrumental na aclamação de Filipe II e na rejeição do apoio a D. António. Por ação do bispo, coadjuvado pelo capitão donatário daquela ilha, foi jurada obediência a Filipe II e quando a armada francesa ao serviço de D. António tentou submeter a ilha em Julho de 1582, o castelo de São Brás resistiu, forçando um desembarque hostil.

Após a batalha naval de Vila Franca, D. Pedro de Castilho foi recebido com todas as honras a bordo do galeão São Martinho, a capitania de D. Álvaro de Bazán, tendo partido para Lisboa a bordo da armada castelhana quando esta regressou.

B) Falecimento e sepultura
D. Pedro de Castilho morreu em Lisboa a 31 de Março de 1613, estando sepultado numa capela por si fundada na igreja do Convento de São Domingos de Lisboa.